Самой страшной для врагов (и друзей) организацией Империума является Инквизиция, «левая рука Императора». Инквизиция собственноручно истребляет большую часть еретиков, мутантов и чужих-ксенсосов.
Инквизиция— секретная организация. Инквизиция действует как тайная полиция Империума, борющаяся с любыми врагами и опасностями, внешними или внутренними, которые могут угрожать царству Бога-Императора. Инквизиторы, как правило, наделены чрезвычайными полномочиями действовать непосредственно от лица Императора и сами по себе олицетворяют закон Империума.
Базовая единица Инквизиции — инквизитор. Такое деление определяет всю структуру и методы работы этой организации. Каждый отдельно взятый инквизитор вправе действовать так, как он считает единственно возможным, привлекая на свою сторону любые средства. Инквизиция имеет доступ к любым ресурсам Империи: к войскам, архивам, оружию, средствам связи, транспорту и т. д. Каждый инквизитор в отдельности олицетворяет и обладает всем могуществом этой организации. Слово инквизитора абсолютно и никем не может обсуждаться (кроме других инквизиторов). Инквизитор так же несет ответственность за свои действия. Мужчины и женщины Инквизиции одни из самых проверенных, тренированных и мотивированных людей, и им необходимо быть такими.
Символом полномочий инквизитора является инсигния (печать) инквизитора.
Инквизиция делится на ордена — Ордосы.
Ордо Еретикус уничтожает все ложные религиозные движения, искореняет ересь и преступных элементов, грозящих стабильности Империума.
Ордо Ксенос расследует возможные заговоры чужаков, борется с разлагающим влиянием инопланетян и их нечестивых ложных культов.
Ордо Маллеус охотятся на демонов, где только это возможно.
Среди инквизиторов выделяется несколько партий, члены которых по-разному понимают специфику своей работы. Например, пуритане абсолютно бескомпромиссные в деле уничтожения исчадий варпа, а радикалы, наоборот, считают возможным использовать их в своих целях, приручая демонов и натравливая их на другую нечистую силу. Из числа последних многие в конце концов сами переходят на сторону Хаоса, после чего уничтожаются своими бывшими коллегами по партии.
Мы - независимы, мы - не подчиняемся ничьим приказам, мы - ответсвенны только перед Богом-Императором и нашим кланом, основная наша цель - служение Империуму.